个人简介
北京大学环境与能源学院研究员、博士生导师、助理教授，入选国家海外高层次青年人才计划。主要研究微生物介导的元素地球化学循环过程，包括微生物暗物质的多样性解析与功能挖掘、元素转化的微生物代谢机理与菌群互作机制、微生物对环境与气候变化的响应与反馈等。以第一/通讯作者在Nat. Microbiol.、Nat. Geosci.、Nat. Commun.、ISME J、ES&T（3篇） 、WR（4篇）等期刊发表论文17篇。论文总引用逾1700次，H因子23。
招生/招聘方向
环境微生物、生物信息学、环境工程等相关专业：硕士研究生、博士研究生、博士后。
工作经历
• 2026.6至今，北京大学环境与能源学院，助理教授
• 2022.7-2026.5，加州大学伯克利分校，博士后
教育背景
• 2017.9-2022.6，浙江大学环境与资源学院，博士
• 2013.9-2017.6，浙江大学环境与资源学院，本科
研究方向
• 微生物暗物质挖掘：整合宏基因组、宏转录组等多组学数据与人工智能分析，规模化发掘新型微生物及染色体外遗传物质，解析其代谢功能与生态角色。
• 元素转化的微生物机理：聚焦碳、氮、硫等关键元素的转化过程，解析其核心代谢途径，揭示不同功能菌群之间的代谢互作，阐明群落尺度上的过程驱动机制。
• 环境响应与气候反馈：研究环境梯度与全球气候变化背景下微生物功能结构的演变规律，探讨微生物对元素循环的调控作用及其可能的气候反馈机制。
代表性成果
1. Shi, L. D., West-Roberts, J., Schoelmerich, M. C., Penev, P. I., Chen, L., Amano, Y., Lei, S., Sachdeva, R., Banfield, J. F.* Methanotrophic Methanoperedens archaea host diverse and interacting extrachromosomal elements. Nature Microbiology, 2024, 9, 2422-2433.
2. Shi, L. D., Guo, T., Lv, P. L., Niu, Z. F., Zhou, Y. J., Tang, X. J.,* Zheng, P., Zhu, L. Z., Zhu, Y. G., Kappler, A., Zhao, H. P.* Coupled anaerobic methane oxidation and reductive arsenic mobilization in wetland. Nature Geoscience, 2020, 13, 799-805.
3. Shi, L. D.#, Ercoli, M. F.#, Kim, J., de Araujo Junior, A. T., Estera-Molina, K., Soni, S., Weitz, T. S., Shigenaga, A. M., Dukovski, I., Sachdeva, R., Turumtay, H., Louie, K. B., Bowen, B. P., Kosina, S. M., Scheller, H. V., Pett-Ridge, J., Segrè, D., Northen, T. R., Ronald, P. C.*, Banfield, J. F.* Reduced methane emissions in transgenic rice genotypes are associated with altered rhizosphere microbial hydrogen cycling. Nature Communications, 2026, 17, 2028.
4. Shi, L. D., Lv, P. L., McIlroy, S., Wang, Z., Dong, X. L., Kouris, A., Lai, C. Y., Tyson, G., Strous, M., Zhao, H. P.* Methane-dependent selenate reduction by a bacterial consortium. The ISME Journal, 2021, 15, 3683-3692.
5. Shi, L. D.*, Penev, P. I., Nissley, A. J., Nayak, D. D., Sachdeva, R., Cate, J. H., Banfield, J. F.* Circularization of 23S rRNA but not 16S rRNA within archaeal ribosomes. Genome Biology, 2026, 27, 42.
所有发表论文详见谷歌学术：
https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=JIVXn7sAAAAJ或ORCID：https://orcid.org/0000-0001-5304-7919。
