联系方式
办公室：深圳研究生院E栋204室
电子邮箱：yuke.sz@pku.edu.cn
个人简介
余珂，博士，现任北京大学深圳研究生院，长聘副教授、研究员，并担任北京大学环境科学与工程学、计算机应用技术双学科博导，环境与能源学院院长助理。兼任Microbiome期刊高级编辑（Senior Editor）及iMeta等期刊编委。
研究方向聚焦于极端环境微生物资源挖掘（尤其是盐、酸、碱水生态系统），致力于发现具有潜在功能的未知微生物类群及生物活性物质合成基因簇，并通过培育与生物合成技术实现应用转化。为实现该目标，课题组主要开展以下工作：
1. 技术创新：开发融合分子生物学与人工智能的微生物组学技术及生物信息学方法；
2. 系统构建：建立宏基因组与宏转录组分析算法、数据库、分析流程及可视化平台；
3. 多组学整合：结合代谢组学、培养组学及基因操作技术，实现对极端环境微生物资源及生物合成基因簇的精准识别与高效培育。
目前，课题组采集的盐/酸/碱水陆样品数据量占全球同类数据的80%以上，为人工智能驱动的微生物多样性解析与工程化应用奠定了核心数据基础。
科研项目与经费：主持国家自然科学基金面上/青年项目，作为骨干参与国家自然科学基金重点基金及“十四五”国家重点研发计划等20余项课题。
教育与工作经历
2025.8-至今，北京大学，环境与能源学院，副教授；
2016.7-2025.7，北京大学环境与能源学院，助理教授；
2014-2016，加州大学伯克利分校，博士后；
2010-2014，香港大学工学院环境工程，博士；
学术兼职
2024.8-至今，Microbiome杂志，高级编辑（Senitor Editor）
2022.8-至今，iMeta杂志，编委
研究方向
研究关注于极端环境及人体系统的微生物，开发
1）痕量遗传物质富集及测序技术
2）基于人工智能技术的多宏组软件、算法及分析流程开发
3）多组学高精度数据解析和定向富集培养技术，以此发掘地球演化过程中的特殊微生物类群及其在特殊生物制剂生产、环境修复与改造中的应用潜能
拟招生方向
以水环境科学与工程方向招生，每年招收约一名博士生及二至四名硕士生。主要招生相关专业（但不限于以下）：生命科学类学科、环境科学与工程类、计算机及应用数学。
教授课程
秋季：数据可视化与分析方法
春季：环境生物信息学方法
科研项目
1. 2025-2028，基于多宏组学数据及深度学习模型构建原核微生物的全局操纵子序列数据库及其应用，国家自然科学基金面上基金项目（项目编号32470697），主持；
2. 2021-2026，代谢调控导向的微生物组-宿主-药物互作网络与信号传递机理，国家重点研发计划“生物大分子与微生物组”重点专项（项目编号2021YFA1301300），子课题负责人；
3. 2020-2024，黄河甘宁蒙段典型污染物对鱼类生存繁衍的潜在影响及参与生态流量研究，国家自然科学基金重点项目（项目编号：51939009），协助单位负责人；
4. 2018-2020，基于多维组学技术解译厌氧氨氧化细菌对亚硝酸盐胁迫与分子氧胁迫响应的分子机制，国家自然科学基金青年科学基金项目（项目编号51709005），主持。
5. 2024-2026，基于深度学习模型预测原核生物操纵子完整功能结构，北京大学科学智能（AI4S）交叉研究专项，主持。
研究成果
以第一作者或通讯作者身份在包括Nature Communications、Microbiome、Environmental Science & Technology、Water Research等多种综合性、微生物学、环境科学及工程类期刊的多篇SCI论文，总SCI论文数合为90余篇，总引用次数5000余次。其中，以第一作者发表的世界上首篇应用宏转录组技术解析活性污泥微生物的论文，被丹麦奥尔本大学的世界污水处理微生物的权威专家Per H Nielsen教授上评为近50年来解析活性污泥微生物生态的20篇里程碑式研究技术型论文之一；另一篇多宏组学技术论文被佐治亚理工大学的著名分子生物学及细胞生物学讲席教授Marvin Whiteley评价为革新了菌间互作研究的方法。
近5年内的部分代表论文(*:通讯作者; #: 第一作者)：
（1） Z Qiu#, L Yuan, C Lian, B Lin, J Chen, R Mu, X Qiao, L Zhang, Z Xu, Lu Fan, Yunzeng Zhang, Shanquan Wang, Junyi Li, Huiluo Cao, Bing Li, Baowei Chen, Chi Song, Yongxin Liu, Lili Shi, Yonghong Tian, Jinren Ni, Tong Zhang, Jizhong Zhou, Wei-Qin Zhuang, K Yu#*. BASALT refines binning from metagenomic data and increases resolution of genome-resolved metagenomic analysis. Nature Communications, 2024, 15: 2179.
（2） R Keren#, J Lawrence#, W Zhuang, D Jenkins, J Banfield, L Alvarez-Cohen, L Zhou*, K Yu*. Increased replication rates of dissimilatory nitrogen-reducing bacteria leads to decreased anammox reactor performance. Microbiome, 2020, 8:6.
（3） K Yu*#, S Yi#, B Li, F Guo, X Peng, Z Wang, Y Wu, L Alvarez-Cohen and T Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals substrates involved in synergistic interactions in a bisphenol A (BPA)- degrading microbial community. Microbiome, 2019, 7: 16.
（4） C Deng#, T Chen#, Z Qiu, H Zhou, B Li, Y Zhang, X Xu, CA Lian, X Qiao, K Yu*. A mixed blessing of influent leachate microbes in downstream biotreatment systems of a full-scale landfill leachate treatment plant. Water Research, 2024, 253: 121310.
（5） X Qiao#, L Zhang, Z Qiu, Y Wu, C Deng, Y Geng, Y Zhang, Y Yan, B Li, LJ Zhang, W Zhuang, K Yu*. Nitrite impairs bioreactor performance due to decreased replication of Candidatus Brocadia sapporoensis by unbalanced energy allocation. Water Research, 2025, 283: 123806.
（6） Y Geng#, Z Xiong, L Yang*, CA Lian, S Pavlostathis, Z Qiu, H Chen, Q Luo, Y Liu, Z Liu, P Shao, J Zou, H Jiang, S Luo, K Yu*, X Luo*, Bidirectional enhancement of nitrogen removal by indigenous synergetic microalgal–bacterial consortia in harsh low-C/N wastewater. Environmental Science & Technology, 2024, 58 (12), 5394-5404.
（7） Z Qiu#, S He#, C Lian, Q Zhang, X Qiao, C Yao, R Mu, L Wang, X Cao, Y Yan, K Yu*. Large scale exploration reveals rare taxa as key members shaping microbial assembly in alkaline lake sediments. npj Biofilms & Microbiomes, 2024, 10:62.
（8） X Qiao#, L Ding, F Fang, C Fu, R Wei, Y Chen, S Zheng, X Wang, Y Yan, K Yang, N Xu, H Tao, K Yu*, L Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals the different response mechanisms of two anammox bacteria towards fluoroquinolone antibiotics, Environmental International, 2024, 185: 108505.
（9） Y Geng#, C Lian, L Yang, S Pavlostathis, Z Qiu, X Qiao, Z Xiong, N Dong, J Hu, X Luo, K Yu*, Self-adaptation of tolerant microalgae-bacterial consortia in landfill leachate: Simultaneous achievement of efficient nitrogen removal and value-added utilization, Chemical Engineering Journal, 2025, 504, 158912.
（10） Z Qiu#, Y Zhu, Q Zhang, X Qiao, R Mu, Z Xu, Y Yan, F Wang, T Zhang, K Yu*. Unravelling Biosynthesis and Biodegradation Potentials of Microbial Dark Matters in Hypersaline Lakes. Environmental Science and Ecotechnology, 2024, 20: 100359.
