教育与工作经历
2016年7月至今，北京大学环境与能源学院，助理教授，环境工程、计算机科学应用双学科博导；
2014年至2016年，加州大学伯克利分校博士后；
2014年博士毕业于香港大学。
研究方向
关注于地表水环境微生物组及微生物在环境工程系统中的应用，开展由地表至地下的极端环境微生物组研究，开发1）痕量遗传物质采集、提取及测序技术，2）以信息学技术为支撑的多组学高精度数据解析和定向富集培养技术，及3）耦合合成微生物学和合成生态学的微生物群落改造或强化技术，以此发掘地球演化过程中的罕见或特殊微生物类群及其在特殊生物制剂生产、环境修复与改造中的应用潜能，进一步探讨可用于地外行星环境改造的先锋微生物类群。
拟招生方向
以水环境科学与工程方向招生，每年招收约一名博士生及两名硕士生。主要招生相关专业（但不限于以下）：生命科学类学科、环境科学与工程类、计算机、统计学及地理学
科研项目
1. 2021，代谢调控导向的微生物组-宿主-药物互作网络与信号传递机理，国家重点研发计划“生物大分子与微生物组”重点专项（项目编号2021YFA1301300），子课题负责人
2. 2020年，黄河甘宁蒙段典型污染物对鱼类生存繁衍的潜在影响及参与生态流量研究，国家自然科学基金重点项目（项目编号：51939009），协助单位负责人
3. 2019年，解译驱动抗生素抗性产生的关键环境诱变因子及抗性产生机制，国家自然科学基金面上基金项目（项目编号2110333321），协助单位负责人
4. 2018年，基于多维组学技术解译厌氧氨氧化细菌对亚硝酸盐胁迫与分子氧胁迫响应的分子机制，国家自然科学基金青年科学基金项目（项目编号51709005），主持
成果及贡献：
共发表SCI论文42篇，其中以第一作者或通讯作者身份在Microbiome，Environmental Science & Technology 等环境领域顶级期刊上发表 SCI 论文 15 篇。第一作者或通讯作者文章中最高影响因子为16.837（2021年影响因子），平均影响因子为 7.017。论文他引总数 3000 余次，其中单篇最高他引300余次，其中包括2篇论文发表于环境微生物的顶级期刊Microbiome杂志（影响因子16.837）。其中，以第一作者发表的世界上首篇应用宏转录组技术解析活性污泥微生物的论文，被丹麦奥尔本大学的世界污水处理微生物的权威专家Per H Nielsen教授上评为近50年来解析活性污泥微生物生态的20篇里程碑式研究技术型论文之一；另一篇多宏组学技术论文被佐治亚理工大学的著名分子生物学及细胞生物学讲席教授Marvin Whiteley评价为革新了菌间互作研究的方法，为未来研究提供了崭新的途径。部分代表论文如下：
（1） Ray Keren#, Jennifer Lawrence#, Wei-Qin Zhuang, David Jenkins, Jillian F Banfield, Lisa Alvarez-Cohen, Lijie Zhou*, Ke Yu*. Increased replication rates of dissimilatory nitrogen-reducing bacteria leads to decreased anammox reactor performance. Microbiome, 2020, 8:6.
（2） Ke Yu*#, Shan Yi#, Bing Li, Feng Guo, Xingxing Peng, Zhiping Wang, Yang Wu, Lisa Alvarez-Cohen and Tong Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals substrates involved in synergistic interactions in a bisphenol A (BPA)- degrading microbial community. Microbiome, 2019, 7: 16.
（3） Chunfang Deng#, Renxin Zhao, Zhiguang Qiu, Bing Li*, Tong Zhang, Feng Guo, Rong Mu, Yang Wu, Xuejiao Qiao, Liyu Zhang, Jay J Cheng, Jinren Ni, Ke Yu*. Genome-centric metagenomics provides new insights into the microbial community and metabolic potential of landfill leachate microbiota. Sci. Total Env., 2022, 816:151635.
（4） Xuejiao Qiao#, Liyu Zhang, Zhiguang Qiu, Li Wang, Yang Wu, Chunfang Deng, Jia Su, Xue Zhang, Yuexing Wang, Bing Li, Lijie Zhou, Anthony YW Ma, Wei-Qin Zhuang, Ke Yu*. Specific Denitrifying and Dissimilatory Nitrate Reduction to Ammonium Bacteria Assisted the Recovery of Anammox Community From Nitrite Inhibition. Frontiers in Microbiology, 2021, 781156-781156.
（5） Yang Wu#, Yuexing Wang, Yashika G. De Costa, Zhida Tong, Jay Cheng, Lijie Zhou, Weiqin Zhuang*, Ke Yu*. The co-existence of anammox genera in an expanded granular sludge bed reactor with biomass carriers for nitrogen removal. Applied Microbiology and Biotechnology, 2019, 103, 1231-1242.
（6） Yujie Men*#, Ke Yu#, Jacob Bælum, Ying Gao, Julien Tremblay, Emmanuel Prestat, Ben Stenuit, Susannah G. Tringe, Janet Jansson, Tong Zhang, and Lisa Alvarez-Cohen. Metagenomic and metatranscriptomic analyses reveal structure and dynamics of a dechlorinating community containing Dehalococcoides mccartyi and corrinoid-providing microorganisms under cobalamin-limited condition. Applied and Environmental Microbiology, 2017, 83(8): e03508-16.
（7） Chen Lianguo#, Yu Ke#, Huang Changjiang, Yu Liqin, Zhu Bingqing, Lam Paul K. S., Lam James C. W., Zhou Bingsheng*. Prenatal transfer of polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) results in developmental neurotoxicity in zebrafish larvae. Environmental Science & Technology, 2012, 46, 9727-9734.
（8） Yu K#, Zhang T (2012). Metagenomic and metatranscriptomic analysis of microbial community structure and gene expression of activated sludge. PLoS ONE 7(5): e38183.
该论文被丹麦奥尔本大学（Aalborg University）的世界污水处理微生物的权威专家Per H Nielsen教授在2013年的“Microbial Ecology and Water Engineering Specialist Conference” (MEWE)上评为近50年来，解析活性污泥微生物生态的研究技术型论文中的12篇里程碑式论文之一。
预印版代表论文：
（1） Yu K*#, Qiu ZG#, Mu R#, Qiao XJ#, Zhang LY#, Lian CA, Deng CF, Wu Y, Li B, Zhang YZ, Fan L, Liu YX, Cao HL, Chen BW, Wang F, Yan Y, Zhang T, Zhuang WQ. Recovery of high-qualitied Genomes from a deep-inland Salt Lake Using BASALT. BioRxiv, 2021, doi.org/10.1101/2021.03.05.434042.
